Balai Penelitian INISNU Jepara adalah unsur pelaksana bidang dalam struktur organisasi di INISNU Jepara dan merupakan pelaksana Tri Dharma perguruan tinggi yang bertugas menyelenggarakan pembinaan dan pengembangan ilmu, teknologi, dan seni dalam rangka mencapai tujuan institusi. Dalam melaksanakan tugas tersebut, semua gerak langkah dan pengembangan Balai Penelitian selalu berpijak pada visi, misi, dan tradisi INISNU Jepara.
Balai Penelitian ini secara garis besar mempunyai fungsi sebagai :
- Perencana, koordinator, pemantau, dan penilai penelitian dan pengembangan kegiatan ilmiah lainnya di INISNU Jepara.
- Pelaksana penelitian dan pengembangan yang bersifat interdisipliner.
- Pengelola sumber daya untuk penelitian dan pengembangan di INISNU Jepara, dan
- Pengelola kerjasama penelitian dan pengembangan yang dilakukan oleh INISNU Jepara dengan pihak luar.